PscanServでは、アプリケーションファイルからPDFへ変換する際、印刷データからPDFの作成を行っておりますため、リンク情報はPDFに引き継ぐことが出来ません。
http://XXXX.com/XXX.pdf といったURLが、PDFでリンクとして使用できる場合がありますが、こちらはPDFビューワ側の機能で、URLをリンクとして自動認識する機能によるものです。