1. 「CSVファイル」にて「CSVファイルに出力する」にチェックが入っていますか?
　　出力先設定＞出力データ形式＞CSVファイルにチェックをし、編集
　　出力項目設定にて、OCRエリア認識結果を設定して下さい。

2.変換後のPDFで、指定したエリアにOCRがかかっていますか？
　　変換後データを開き、文字選択ツールを選択し、エリア指定箇所をクリック
　　してみて下さい。OCR文字が選択されなければ、正常にOCRがかかっていません。