エクセルを起動しまして、ツール>オプション>編集タブ　の　リンクの自動更新前にメッセージを表示するのチェックを外します。
外部リンクが有効であれば外部リンクを更新して変換され、外部リンクが無効であれば更新されずに変換されます。
また、変換処理は作業フォルダで行われるため、外部リンクがフルパスでない場合には無効扱いになります。